Hlavní nádraží leží nedaleko nábřeží Úpy na tratích na Chlumec nad Cidlinou, Jaroměř a Svobodu nad Úpou. Má osm dopravních kolejí a čtyři jednostranná nástupiště s přístupem přes koleje; výhybky se dosud přestavují ručně ze tří stavědel. Na protějším břehu Úpy je autobusové nádraží. V roce 2008 získalo nádraží ocenění Nejkrásnější nádraží roku.
Stanici stavěla Rakouská severozápadní dráha od 6. března 1869 podle vzoru Carla Schlimpa. Původní trutnovské nádraží Jihoseveroněmecké dráhy bylo po propojení v říjnu 1870 přejmenováno na Poříčí, dnes Trutnov-střed. Dne 21. prosince 1870 se otevřela trať do Kunčic nad Labem se třemi páry smíšených vlaků denně; kvůli blízké pruské hranici tu od začátku úřadovala celnice. Po prodloužení do Svobody nad Úpou v roce 1871 se tu přestupovalo do Janských Lázní; v roce 1873 tu ÖNWB zřídila strojírny. Na počátku 20. století jezdilo 12 až 16 vlaků denně a roční obrat cestujících byl 560 000 osob.