Prachatická stanice leží na trati Číčenice – Nové Údolí; budova stojí na severozápadní straně kolejiště se třemi dopravními kolejemi. Na protější straně je autobusová zastávka „Prachatice, železniční stanice". Po východní straně kolejiště vede Žernovickou ulicí cyklotrasa 1145.
Stanice se slavnostně otevřela 14. října 1893 příjezdem prvního vlaku z Vodňan. Šest let, než byla trať prodloužena do Volar, sloužila jako koncové nádraží. Později tu sídlila Správa železničního provozu, která odsud řídila tratě v oblasti Šumavy.