Hlavní nádraží stojí v Čejetičkách, oddělených od středu města řekou Jizerou, asi dva kilometry od centra. Sbíhají se tu neelektrizované tratě Praha–Turnov, Mladá Boleslav – Stará Paka, Nymburk – Mladá Boleslav a Mladá Boleslav – Mělník. Stanice patří do Pražské integrované dopravy. V roce 2025 byla stará budova zbořena a na jejím místě se staví nová, přízemní s prosklenou fasádou, jejíž přesah zastřeší první nástupiště i zastávky autobusů; dokončení se plánuje na listopad 2026.
První staniční budovu postavila Turnovsko-kralupsko-pražská dráha, provoz z Kralup do Turnova začal 15. října 1865. Po východní straně pak Rakouská severozápadní dráha vystavěla vlastní budovu pro uzlovou stanici II. třídy jako konečnou své trati z Nymburka, podle vzoru Carla Schlimpa; otevřela se 29. října 1870. V roce 1904 přibyla místní dráha přes Skalsko do Staré Paky, která měla oddělené nádraží na opačné straně kolejiště. Do budoucna se počítá s tím, že hlavní roli převezme stanice Mladá Boleslav město na nové trati z Prahy přes Lysou a Milovice.