Hlavní nádraží stojí v Podmoklech v ulici Čsl. mládeže. Vede přes něj první a čtvrtý koridor (Praha – Děčín – Drážďany po levém břehu), ústí sem pravobřežní trať z Ústí nad Labem, trať z Benešova nad Ploučnicí a víkendová turistická trať z Oldřichova u Duchcova. Čtyři nástupiště jsou přístupná z podchodu po schodech nebo výtahem. Je to pohraniční stanice pro dálkové vlaky z Německa a spolu s Děčínem východ nejvýznamnější styková stanice mezi českou a německou sítí; zastavují tu všechny vlaky EuroCity z Prahy do Drážďan a Berlína.
V roce 1850 postavila Severní státní dráha ve vsi Weiher a v Podmoklech přechodovou stanici mezi Rakouskem a Saskem — v provizorní hrázděné budově úřadovaly společně obě dráhy, oba celní úřady, policie a pošta. V letech 1864–1865 vyrostla podle projektu Carla Schumanna dnešní novorenesanční výpravní budova z pískovcových kvádrů, od roku 1998 kulturní památka. Stanice se do roku 1949 jmenovala Bodenbach, česky Podmokly. Modernizací prošla v letech 2001–2004 při optimalizaci prvního koridoru. Směrem na Bad Schandau ji následují dva tunely z roku 1849 s portály zakončenými cimbuřím.
Čsl. mládeže 89/4, Děčín
Jízdní řád stanice Děčín hlavní nádraží