Hlavní stanice a seřaďovací nádraží jižních Čech leží v Nádražní ulici kousek východně od centra, na křižovatce mezinárodního koridoru z Prahy do Lince s tratěmi od Plzně, od Gmündu, od Volar a od Summerau. Vlaky tu provozují České dráhy, Arriva i GW Train Regio. Kolejiště dlouho dělilo město — podjezd na Rudolfovské třídě byl skoro jediným spojením Suchého Vrbného s centrem. Ve městě jsou ještě zastávky jižní, severní a Nové Hodějovice.
Železnice tu začala už v roce 1828 koněspřežkou do Lince; nádraží pro lokomotivy vzniklo poblíž dnešního v roce 1868. Na začátku 20. století vyrostla o kus severněji mnohem větší stanice, dnes kulturní památka: budovy navrhl Gustav Kulhavý v neorenesančním stylu se secesními prvky, otevřely se v roce 1908 a první zastavil vlak z Terstu do Prahy 17. prosince toho roku. Nálet na jaře 1945 těžce poškodil jižní křídlo. V červenci 2020 začala celková rekonstrukce budovy s novým hlavním vchodem naproti Lannově třídě; obnovená budova se otevřela 5. února 2024 a v dubnu 2025 byla vyhlášena památkou roku 2024.