Hlavní nádraží leží v jihozápadní části města ve výšce 250 metrů. Je to uzel čtyř tratí: Bakov – Česká Lípa – Rumburk, na Děčín, na Liberec a na Lovosice. Hlavní budova z roku 1892 zůstala, vedle ní se 17. prosince 2016 otevřela nová nádražní budova a nástupiště s podchodem, schodišti a výtahy. Stanice je v zóně 2001 systému IDOL; kusou kolejí odbočuje spojka ke zrušenému nádraží Česká Lípa město.
Provoz z Bakova nad Jizerou do České Lípy zahájila Česká severní dráha 14. listopadu 1867. V roce 1869 přibyla trať na Rumburk, v roce 1872 na Děčín. Dráha byla zestátněna v roce 1908, po válce připadla ČSD. Kompletní přestavba nádraží a navazujících tratí za zhruba miliardu korun proběhla v letech 2016–2017 (Skanska), dokončení bylo plánováno na druhou polovinu roku 2017, symbolicky před 150. výročí připojení města na železnici.